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中豆芯一号

中豆芯一号由中国农业科学院作物科学研究所与北京康普森生物技术有限公司合作研发,通过 illumina 平台定制完成,160K 位点均匀分布,功能位点占比高。

芯片信息:158,959个位点,24样本/芯片

 

s10竞猜 Design concept

设计思路

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Product advantages

产品优势

s10竞猜 与商业化芯片相比,中豆芯一号具有以下优势:

  •                            

    均匀分布

     平均距离约为6kb,MAF>0.1 的SNP位点占比81.3%
  •                            

    代表性高

     信息来自中国和国际2,533 份代表性大豆核心种质重测序数据和野生大豆泛基因组数据
  •                            

    功能性强

     高比例的SNP 为注释基因的Large-effect 位点,涵盖重要基因相关位点、驯化和遗传改良选择区间以及野生和栽培大豆种间特有及种内亚群间特有的SNP 位点
  •                            

    实用性好

     基本涵盖已公布的重要性状相关标记(已报道的11 种病害及17 种农艺性状相关位点),突出了脂肪和脂肪酸、异黄酮、蛋白质、油分、株高、百粒重、抗病、耐旱耐涝等重要性状
  •                             

    支持位点填充

     具有超高密度位点填充率,可在原有位点数基础上,位点总数扩充近10倍,填充后结果一致性高达87.5%

s10竞猜 Characteristic of SNP site

SNP位点特征


中豆芯一号与其它商业化芯片相比,在大豆基因组中均匀分布(图3A,3C),相邻SNPs的平均距离约为6kb,其中90.23%的SNPs间距小于10kb。芯片功能位点分布在CDS同义突变、CDS非同义突变、stopgain/loss、splicing、内含子、UTR、intergenic位置,涵盖主要位点类型,其中40.57%的SNPs来自具有更高信息量和更大影响基因功能潜力的genic regions (图3 B)。芯片中 MAF>0.1 的SNP位点占比 81.3%。
           


           


           

           


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Application direction

应用方向

  • 基础研究 /Fundamental research                    
                       
    遗传图谱构建
    QTL定位
    GWAS分析
    群体结构分析
  • 分子育种 /Molecular breeding                    
                       
    品种鉴定
    种质资源保护与评估
    全基因组选择育种(GS)
  • 产业应用 /Industrial application                    
                       
    优良性质位点检测
    抗病性状检测
    杂交真伪检测