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玉米6K基因分型芯片

康普森玉米6K基因分型芯片是是一款中等密度育种芯片,由康普森生物和中国农业科院作物科学研究所联合开发,通过Illumina 和 Thermo Fisher 平台定制完成的一款玉米育种芯片产品,既可以研究温带材料又有效于热带材料的分子育种研究。

位点信息:5,179个位点,24制式/384制式

 

Array Characteristics

芯片特点    

  •                            

    适用性广

     温带和热带材料分布无显著差异的SNP 标记占比高达2/3
  •                            

    覆盖度高

     含2,200 多个调控功能基因表达的重要候选标记
  •                            

    功能标记

     涵包含部分玉米油分、抗旱和抗病的功能标记
  •                            

    均匀覆盖

     全基因组均匀覆盖,基因密度高的区段加设标记

Result display

结果展示    

提高玉米种子在低温下的出苗能力是一个非常重要的育种目标。该研究利用4 个低温发芽能力不同的亲本构建了3 个F2:3 群体, 通过玉米6K 芯片获得基因分型,利用2,693 个SNP 标记构建一致性遗传连锁图谱,在10℃鉴定5 个低温出苗能力相关表型,QTL 定 位结果获得43 个QTL 和3个Meta-QTL(mQTL),这些结果为在mQTL 区域内克隆基因及发现玉米种子萌发过程的耐寒性分子机 制提供了基础。



图1 三个群体的低温发芽相关性状检测到的QTL



表1 通过一致性连锁图谱检测到的Meta-QTL (mQTL)



参考文献:Li X, Wang G, Fu J, et al . QTL Mapping in Three Connected Populations Reveals a Set of Consensus Genomic Regions for Low Temperature Germination Ability in Zea mays L. Front. Plant Sci . 2018.

Application scenario

芯片应用场景    

  • 保种育种应用 /Conservation breeding applications                    
                       
    分子标记辅助育种
    品种鉴定
    亲缘关系鉴定
  • 基础科研 /Basic research                    
                       
    QTL定位
    重要标记筛选