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KPS® 绵羊50K芯片

绵羊50K SNP 分型芯片由中国农业科学院北京畜牧兽医研究所联合北京康普森生物技术有限公司开发,是一款中高通量SNP 分型芯片。利用illumina 平台定制,包含中外17 个代表性绵羊物种的特征性SNP,共计47,564 个位点。

 

产品特点


KPS® 绵羊50K 芯片位点,均匀覆盖羊全基因组,涵盖重要性状位点,包括如羊角、体重、肉质、繁殖和疾病等重要性状等, 适用于基因的筛选和定位,可用于标记辅助育种。

 

 芯片数据来源


  • 重测序数据:涵盖 17 个绵羊品种,共 221 个重测序样本,其中我国地方品种 13 个,外国羊品种 4 个

  • 性状相关SNP 数据:利用已有GWAS 等关联分析研究结果,涵盖羊角、体重、肉质、繁殖和疾病等经济性状的SNP 位点

  • 优选KPS Oar SNP 600K芯片位点设置为全基因组覆盖位 点,合计选点18K

 

 位点设计特点


  • 优化设计:全基因组平均分布

  • 通用性:加入重要性状相关SNP 位点,并引入KPS Oar SNP 600K 芯片18K 位点,确保互相 Imputation

  • 差异性:种间和种内亚群差异位点(样本分为 3 个类群, 蒙古羊群组、藏羊群组、 外国羊群组),合计选点 2.5K

  • 功能相关性:24K 位点与羊角、体重、肉质、繁殖和疾病 等经济性状相关

  • 通量适中:在全基因组选择育种实践中应用性价比高