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京芯一号育种芯片

 鸡 50K SNP 分型芯片(京芯一号)由中国农业科学院北京畜牧兽医研究所与北京康普森生物技术有限公司联合研制开发,是国内首款专门针对我国地方鸡种设计的中高通量 SNP 分型芯片。

 

 

 芯片数据来源

1、重测序数据:对中外9 个鸡种进行基因组重测序,获得丰富的变异位点。

2、性状相关SNP 数据:利用已有GWAS 等关联分析研究结果,筛选饲料报酬、生长、肉质、胴体、抗病、繁殖等性状的SNP 位点。

3、组学筛选获得的差异表达功能基因:整合转录组测序、差异蛋白、互作蛋白筛选等研究,对主要功能基因及变异位点进行了筛选。

4、优选Affymetrix 600K 商业化芯片中的18K 位点,位点自主研发和已有信息有机结合。

 

 位点设计特点

1、优化设计:全基因组平均分布。

2、通用性:加入地方鸡种特征性SNP; 引用商业化芯片18K 位点,确保互相 Imputation 。

3、有效性:20K 位点在有色羽和白羽等19 个中外鸡种基因组中均匀分布。

4、功能性:14K 位点由GWAS 等研究鉴定获得与饲料报酬、肉品质、一般免疫、繁殖等经济性状相关。

5、通量适中:在全基因组选择育种实践中应用性价比高。

 

Application scenario

芯片应用场景    

  • 保种育种应用 /Conservation breeding applications                    
                       
    基因组选择
    种质资源鉴定
    亲缘关系鉴定
  • 基础科研 /Basic research                    
                       
    全基因组关联分析(GWAS 分析)
    全基因组连锁分析(QTL 分析)
    精细定位
    群体遗传学分析(进化、驯养、遗传多样性)